An sich sollte es keinen Unterschied machen, ob du die Loxone vorher über die Sicherung abschaltest oder ob der Strom weggeht - außer dass du den Zeitpunkt von aus und an selbst bestimmen kannst ;-)
Wie du schreibst, hatte das letzte Mal die SD-Karte ja einen weg - an sich gehe ich davon aus, dass das schon vorher der Fall war und sich das nur gezeigt hat, als der MS von der SD-Karte neu starten wollte. Das war bei unseren bisherigen Ausfällen auch meistens der Fall.
Du kannst ja vorher mal die SD-Karte testen (sdtest, vgl. Loxone Webservices) und wenn die keinen Fehler hat, "sollte" eigentlich nichts passieren

Natürlich kann man nicht garantieren, dass die Karte bei einem Ausfall während des Schreibvorgangs nicht auch beschädigt werden kann, aber das würde sich mMn eher auf einen Datenverlust beschränken und nicht auf einen Defekt in der Programmierung - die wird ja im Betrieb nicht geändert.
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